Ưu đãi thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa - đừng bỏ sót

Nhiều doanh nghiệp nhỏ vẫn tạm nộp và quyết toán thuế TNDN ở mức 20% theo thói quen, trong khi từ kỳ tính thuế năm 2025, pháp luật đã có hai lớp ưu đãi riêng cho quy mô nhỏ: thuế suất 15% và 17% theo doanh thu, và miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập. Ngược lại, cũng có doanh nghiệp áp mức 15% trong khi thuộc diện bị loại trừ, rồi bị truy thu kèm tiền chậm nộp.

Thuế suất 15% và 17% theo quy mô doanh thu

Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/10/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025) giữ thuế suất phổ thông 20%, đồng thời quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 10 hai mức thuế suất thấp hơn. Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 hướng dẫn chi tiết tại Điều 11.

Theo khoản 4 Điều 11 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, tổng doanh thu làm căn cứ là doanh thu của kỳ tính thuế liền trước, lấy từ phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh kèm tờ khai quyết toán thuế TNDN, gồm doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ (sau các khoản giảm trừ), doanh thu hoạt động tài chính và thu nhập khác. Một số điểm kỹ thuật cần lưu ý:

• Doanh thu tính cả doanh thu tài chính và thu nhập khác, không chỉ doanh thu bán hàng. Doanh nghiệp có lãi tiền gửi hoặc thanh lý tài sản lớn có thể vượt ngưỡng dù doanh thu chính dưới ngưỡng.
• Nếu kỳ tính thuế liền trước dưới 12 tháng, doanh thu được quy đổi: doanh thu thực tế chia số tháng hoạt động, nhân 12; tháng thành lập được tính đủ tháng.
• Doanh nghiệp mới thành lập được tạm nộp hằng quý theo mức 15% hoặc 17% dựa trên doanh thu dự kiến. Nếu cuối năm doanh thu thực tế không đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp phải nộp phần chênh lệch cùng tiền chậm nộp.

Hai trường hợp không được áp dụng 15% và 17%

Thứ nhất, quan hệ liên kết. Khoản 4 Điều 18 Luật 67/2025/QH15 quy định thuế suất 15% và 17% không áp dụng đối với doanh nghiệp là công ty con hoặc công ty có quan hệ liên kết mà doanh nghiệp trong quan hệ liên kết không đáp ứng điều kiện áp dụng các mức thuế suất này. Công văn 6926/CTH-QLDN4 ngày 04/8/2026 của Thuế TP Cần Thơ đã nhấn mạnh rằng việc áp dụng ưu đãi không chỉ phụ thuộc vào doanh thu của riêng doanh nghiệp, mà còn vào các doanh nghiệp trong quan hệ liên kết. Với công ty con của các tập đoàn nước ngoài, nơi công ty mẹ có doanh thu rất lớn, khả năng được áp dụng 15% hay 17% vì vậy là rất hạn chế.

Thứ hai, loại thu nhập bị loại trừ. Điều 18 Luật 67/2025/QH15 liệt kê các khoản thu nhập không được hưởng ưu đãi, ví dụ thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản (trừ nhà ở xã hội), chuyển nhượng dự án, trò chơi điện tử trực tuyến. Các khoản này vẫn chịu thuế suất phổ thông.

Miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập

Khoản 4 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Nghị định 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 hướng dẫn chi tiết tại Điều 7. Điều kiện chính gồm:

• Được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và Nghị định 80/2021/NĐ-CP.
• Không phải doanh nghiệp hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình hoặc thay đổi chủ sở hữu.
• Không thuộc trường hợp người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người góp vốn lớn nhất đang hoặc đã giữ vai trò tương tự tại một doanh nghiệp khác còn hoạt động, hoặc đã giải thể chưa quá 12 tháng (theo hướng dẫn tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP).
• Ưu đãi không áp dụng cho các khoản thu nhập bị loại trừ theo khoản 3 Điều 18 Luật 67/2025/QH15.

Doanh nghiệp FDI cũng có thể được hưởng nếu đáp ứng đủ điều kiện: Công văn 3896/CT-CS ngày 11/6/2026 của Cục Thuế đã hướng dẫn theo hướng này. Tiêu chí quy mô tham khảo theo Điều 5 Nghị định 80/2021/NĐ-CP đối với doanh nghiệp vừa: lĩnh vực nông, lâm, thủy sản, công nghiệp và xây dựng có số lao động tham gia BHXH bình quân năm không quá 200 người và tổng doanh thu năm không quá 200 tỷ đồng hoặc tổng nguồn vốn không quá 100 tỷ đồng; lĩnh vực thương mại, dịch vụ có không quá 100 lao động và doanh thu không quá 300 tỷ đồng hoặc nguồn vốn không quá 100 tỷ đồng.

Đối với doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận trước ngày Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực (17/5/2025), Nghị định 20/2026/NĐ-CP có quy định chuyển tiếp về việc hưởng phần thời gian ưu đãi còn lại; doanh nghiệp nên đối chiếu cụ thể với ngày cấp giấy chứng nhận của mình. Nếu đồng thời đủ điều kiện nhiều ưu đãi, doanh nghiệp được chọn ưu đãi có lợi nhất và phải áp dụng ổn định cho cả thời gian ưu đãi.

Lệ phí môn bài đã chấm dứt từ 01/01/2026

Cũng theo Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15, việc thu, nộp lệ phí môn bài chấm dứt từ ngày 01/01/2026. Doanh nghiệp còn nợ lệ phí môn bài của các năm trước vẫn nên xử lý dứt điểm.

Checklist trước khi áp dụng ưu đãi

1. Xác định tổng doanh thu năm trước liền kề theo đúng cách tính tại Điều 11 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, gồm cả doanh thu tài chính và thu nhập khác.
2. Lập sơ đồ quan hệ liên kết và kiểm tra các doanh nghiệp liên kết có đáp ứng điều kiện 15%, 17% hay không.
3. Tách riêng các khoản thu nhập bị loại trừ theo Điều 18 Luật 67/2025/QH15.
4. Với doanh nghiệp mới: kiểm tra tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa, ngày cấp Giấy chứng nhận lần đầu và các trường hợp loại trừ của Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
5. Lưu hồ sơ chứng minh (số lao động BHXH, doanh thu, nguồn vốn) để giải trình khi được yêu cầu.

Kaizen có thể giúp gì?

Áp sai thuế suất ưu đãi thường chỉ bị phát hiện khi kiểm tra, lúc đó số truy thu đã kèm tiền chậm nộp. Hãy đăng ký chương trình kiểm tra sức khỏe thuế miễn phí của Kaizen để đội ngũ có hơn 17 năm kinh nghiệm Big4 xác định doanh nghiệp bạn được hưởng ưu đãi nào và cần chuẩn bị hồ sơ gì.